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STRING:PPI蛋白互作网络构建
来源: | 作者:生信博士 | 发布时间: 2021-11-24 | 831 次浏览 | 分享到:

STRING

 

一、STRING数据库介绍:

 

做科研的时候,为了研究蛋白之间的相互作用网络,我们需要借助一些蛋白质相互作用数据库,StringSearch Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins)it is definitely the database with the most species covered and the largest interaction information(https://string-db.org)。


 

 

 

String数据库(https://string-db.org/)是一个搜寻蛋白质之间相互作用的数据库。既包括蛋白质之间的直接物理相互作用,也包括蛋白质之间的间接功能相关性数据库目前已经更新到Version 11.0b应用范围2090个物种,包含24'584'628种蛋白和3'123'056'667个蛋白质之间的相互作用,目前这一数据还在更新中。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中挖掘的结果和综合其他数据库数据外,还有利用生物信息学的方法预测的结果。

 

二、功能使用操作演练

 

1.已知单个基因查找互作网络

首先,通过浏览器进入STRING数据库,点击中间的SEARCH,进入搜索页面如下:


 

它可以选择不同方式去查找互作网络,比如可通过输入单个或者多个蛋白名称氨基酸序列)查找其互作网络

这次我们选择随机进入:这里就以ZDHHC1为例,查找一下它的互作网络。Protein Name这里输入ZDHHC1After selecting "auto detect", the most suitable species will be automatically matched,点SEARCH按钮下一页面点击CONTINUM很快就得到结果



ViewersNetwork模式下,彩色的“ “(或称为节点,Node)表示具直接作用的蛋白,“球 “之间的不同颜色样式的连线(或称为边,edge)表示不同的作用类型。

得到相关的蛋白互作网络图:


 

点击图中的“玻璃球“可以查看蛋白质相关信息,空的”玻璃球“表示暂无该蛋白的3D结构上图只有1个是没有的

 

圆圈节点之间的直线(edge)代表该直线连接的两个蛋白之间的相互作用关系。点击直线可查看详细信息不同颜色对应不同的相互作用类型因为STRING数据库中edge的来源主要包含七部分,即实验数据、文本挖掘数据、数据库数据,基因邻接、基因融合、基因共表达。该系统利用一个打分机制对这些不同方法得来的结果给予一定的权重,Finally, a comprehensive score is given。其实,我们可以根据自己的需求,设置自己感兴趣的作用类型。


 

 

还可以查看他们的其他图片表达形式

 

 


 

 

基因共现图

 

 

 

基因共表达图

 

The final rendering pattern can be selected by selecting "exports"下面多个条目进行选择。可导出(download)两种格式(pngsvg)的网络图(如下图),若果觉得这里的“玻璃球“比较丑,也可以表格的形式导出文本文件(tsv格式)。


 


另外,Analysis列表,除了给出互作网络的相关信息,还给出了相应的GOKEGG富集分析结果,需要的话也可以将分析结果下载下来)。

 

 

 

 

 

2. 基因集(蛋白集)间的互作关系


3. 回到分析主界面,选择Multiple proteins如下图所示,填上基因集,也可以填基因集文件然后搜索就可以得到多基因蛋白之间的互作关系了,非常方便又好操作!


 

 

4. STRING数据库提供了下载功能,由于整个数据库非常大,所以可以选择一个物种,然后下载该物种对应的数据,示意如下


 

 

 

更多细节请参阅官网说明文档。